16srDNA 测出的两条序列都要比对吗？要拼接吗？ 请高手指导一下，详细最好了(整个鉴定流程)！ 我是新手

双向测序得到的两个序列如果有重叠区的话，那么可以做拼接。另外NCBI的blastn可以做两个序列的比较，通过blastn比较可以看两个序列有没有重叠序列。
做拼接有专门的软件，如DNAstar里面的SeqMan，VectorNTI里的contigexpress，DNAman里面的sequence assembly都是可以做拼接的。
如果你把克隆的16srDNA克隆到载体上测序的，那需要先把载体序列去掉才能拼接，如果是PCR产物直接测序，那可以直接做拼接。另外，最好把测序长度超过800bp的序列也剔除掉，因为在一个测序反应里超过800bp的序列测序准确率低，可以参照测序峰图剔除测序差的序列。载体序列和测序差的序列都会影响到拼接。
软件的使用比较简单，把你的序列文件做成fasta格式输入就可以。
最后拼接得到的consensus序列可以输出到文本。

2条是双向测序吗？我当时做的都是单向的。。你的序列多长？个人觉得，都比对下也行吧，不过要选中类似“check if it is a reverse sequence"之类的复选框，两条比对的结果至少在相似性最高的几项里应该会有同样的物种吧？

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