一、两者行政级别不同：
直辖市是国家的一级行政区、深圳是属于副省级市（计划单列市）、副省级市仍为省辖市，由所在省的省委、省政府领导。这些市的机构改革方案仍由所在省审批，同时抄报中编委备案。15市的经济管理权限有关规定执行。深圳属于广东省领导。其行政级别要比直辖市低。
计划单列市介绍：
享有省一级的经济管理权限的非省级行政中心副省级城市。计划单列市全称国家经济与社会发展计划单列市，是省级单位对所辖大城市下放部分经济管理权限的城市，但是，计划单列市仍保留省辖市的行政地位，继续接受省级行政机构的领导。
对省辖大城市的计划单列，计划单列内容主要是工农业生产、交通运输、邮电、固定资产投资、主要商品购销和分配调拨，能源及主要物资分配调拨、外贸进出口、地方定额外汇、劳动工资 、财政信贷、科学技术以及各项社会发展计划指标等。中国大陆改革开放初期的1980年代，一些市由于其特有的经济地位而被称为“计划单列市”，享有省一级的经济和社会管理权限。至2015年时，全国有5个计划单列市。
直辖市介绍：
直辖市是许多国家的最重要省级行政区，此名称主要被中国、朝鲜、韩国、越南等汉字文化圈国家所采用。字面意义，是直接由中央政府所管辖的建制城市。直辖市往往需要较多的居住人口，且通常在全国的政治、经济和文化等各方面上具有重要地位。该概念首先源自于1930年中华民国的《市组织法》，称为院辖市。
由于直辖市的定位特殊，中国直辖市的中共市委书记一般由中共中央政治局委员兼任。
